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交互分析 ​

作者: 高瑞峰
时长: 9 分钟
字数: 2.2k 字
更新: 2025-11-07
阅读: 0 次
云平台 使用说明 scRNA+VDJ 单细胞免疫组

“交互分析”可在ssDNA图的基础上查看并分析SeekSpace空间单细胞转录组测序数据，查看基因表达情况，并进行细胞类型标记。此外，还支持ATAC多组学数据展示。

NOTE

交互分析模块支持多样化空间可视化和细胞标记，建议结合具体分析目标灵活选择展示方式。

模块总览 ​

  • 数据选择：按样本、按多样本对比、按降维方式（spatial/UMAP/TSNE）展示
  • 基因与质控可视化：nFeature_RNA、nCount_RNA、mito及任意目标基因表达
  • 图片展示控制：背景图（DAPI/H&E）开关、点大小调节
  • 交互工具：缩放、平移、矩形/套索选择、画线、划分样本、对齐与过滤背景图、下载图片
  • 细胞标记：基于空间位置与/或联合基因表达进行分组与标签写入（meta.data）
  • ATAC多组学：峰图展示与交互（SeekARC）

选择数据进行绘图 ​

  1. 选择样本

    • 选择样本名称，可查看并分析不同样本SeekSpace空间单细胞转录组测序数据。
    • 如有多个样本，也可同时展示多个样本的spatial图。

  2. 选择数据展示方式

    • 可选择以ssDNA图形式进行空间数据展示。
    • 也可选择以umap或tsne降维图形式进行数据展示。

  3. 查看基因表达情况

    • 可查看nFeature_RNA、nCount_RNA、mito及各基因的表达情况。

TIP

查看基因表达情况下拉框与查看细胞标记结果下拉框互斥，切换时请注意。

图片展示信息 ​

  1. 是否展示背景图

    • 以DAPI图、H&E图为背景进行空间数据展示。

  2. 调整点的大小

    • 可输入数值直接调整点大小，也可点击上下按钮快速调整。

交互式工具 ​

  • Zoom / Zoom in / Zoom out：连续或快速缩放视图，适合放大局部结构或整体概览。
  • Pan：在不改变缩放比例下移动视图，定位新区域更高效。
  • Box Select：矩形框选细胞，适合规则区域或大范围初筛。
  • Lasso Select：自由套索选区，适合不规则组织形态勾勒ROI。
  • Draw line（SeekSpace）：在基因表达图上绘制一条线并设置“垂线长”（线宽），平台按起止点自动分为10等份，统计沿线分段的表达变化。
  • Autoscale / Reset axes：一键自适应或恢复默认视图，便于对比不同视图状态。
  • Fullscreen：全屏查看，适合演示与汇报。
  • Edit（划分样本，SeekSpace）：当单张切片含多份样本时，添加/移动分割线并命名样本，完成“拼片样本切割”。
  • Align：对齐背景图（位置、比例、角度），解决切片照片与点位的轻微偏移。
  • Filter：过滤或调整背景图显示参数，提升点位与背景对比度。
  • Download plot as a png：按当前视图配置导出图片，用于报告留存。

常规细胞标记 ​

  1. 选择细胞

    • 使用“矩形套索工具”或“套索工具”选择细胞。

  2. 标记细胞

    • 点击【标记细胞】，弹出“标记细胞”窗口，填写所标记细胞的meta.data列名和标记细胞命名，完成细胞标记。

  3. 查看标记结果

    • 点击下拉框，选择标记细胞的meta.data列名，查看标记结果。

TIP

  • “查看基因表达”与“查看细胞标记结果”下拉框互斥，切换分析视角时请先确认当前模式。
  • 点大小可在“图片展示信息”面板中精细调节，以适配不同放大倍数。

  1. 再次选择细胞

    • 再次使用“矩形框选工具”或“套索工具”选择细胞。

  2. 再次标记细胞

    • 再次点击【标记细胞】，弹出“标记细胞”窗口，填写相同meta.data列名和不同标记细胞命名，完成细胞标记。

  3. 再次查看标记结果

    • 再次点击下拉框，选择标记细胞的meta.data列名，查看标记结果。

WARNING

对于同一meta.data列名下的标记结果，新标记会覆盖原有标记。例如，一部分“Selected_Cells”被“New_Selected_Cells”覆盖。

联合基因表达标记细胞 ​

  1. 联合基因表达选择细胞
    • 在查看关注基因表达情况的同时，用“矩形框选工具”或“套索工具”选择基因高表达或低表达的细胞。

TIP

如需根据基因表达量设置阈值添加标签，详见“画图工具”模块【添加标签】功能。

  1. 联合基因表达标记细胞

    • 同时标记Selected_Cells、New_Selected_Cells且关注基因高表达的细胞。

  2. 联合基因表达查看标记细胞结果

    • 查看标记结果。

常见问题与可解决场景 ​

  • 如何快速定位目标基因在组织中的空间分布与梯度变化？
    • 在“查看基因表达”中输入基因，结合画线可观察沿组织结构方向的表达。
  • 如何筛除或标注潜在低质量细胞（如高线粒体含量）？
    • 可视化mito、nFeature_RNA、nCount_RNA，按阈值选择并写入QC标签。
  • 多样本同切片如何分割并开展差异对比？
    • 使用“Edit（划分样本，SeekSpace）”完成切割，随后在各样本标签下对比基因表达与标记结果。
  • 如何验证Marker是否在期望的结构域内富集？
    • 打开H&E/DAPI背景，叠加基因表达与标签，检查区域一致性。
  • 如何导出用于报告的图？
    • 使用“Download plot as a png”在合适放大比例与背景设置下导出。
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